Como uso o Lubuntu não tenho certeza, mas creio que o Ubuntu já vem com um programa para criar pendrives de boot instalado. Você pode procurar aí.
Se não achar, tente instalar o Unetbootin. Como o Terminal não está abrindo, aperte Ctrl + Alt +F1, vai abrir uma tela toda preta, nela digite seu nome de usuária e senha, e depois:
sudo apt-get install unetbootin
Depois aperte Ctrl + Alt + F7 para voltar à interface gráfica.
Aperte Alt + F2, vai abrir um campo para digitar comandos e então:
gksu unetbootin
Isso deve abrir o programa para você mexer com o pendrive.
Agora, como você disse que o problema foi aparentemente causado pelo Wine (eu acho difícil ser só isso), antes de fazer qualquer outra coisa, você pode removê-lo também para ver se o seu sistema volta ao normal. Para isso, use o atalho Ctrl + Alt + F1, faça o login e digite:
sudo apt-get remove wine && sudo apt-get autoremove
Depois, reinicie.
Esse comando acima considerando que você instalou pelos repositórios oficiais. Se instalou de outra forma, pode informar se quiser.