Outra boa opção é usar o Bleachbit:
"BleachBit exclui arquivos desnecessários para liberar valioso espaço em disco útil, manter a privacidade e remover lixo. Ele remove cache, histórico de internet, arquivos temporários, cookies e atalhos quebrados. Ele consegue limpar coisas do Adobe Reader, Bash, Beagle, Epiphany, Firefox, Flash, GIMP, Google Earth, Java, KDE, OpenOffice.org, Opera, RealPlayer, rpmbuild, Second Life Viewer, VIM, XChat e muitos outros."
Só usar o Software Center ou o Synaptic, se estiver instalado.