Explicando melhor:
Preciso acessar um aplicativo, on-line, desenvolvido em java, hospedado na intranet. Esse aplicativo é antigo e pelo que entendi, utiliza como codificação de caracteres o mesmo sistema do Windows, que coincide com o ISO-8859-1. Nos computadores com Windows não existe problema de codificação, mas com o ubuntu, que usa UTF-8, os caracteres acentuados e especiais, como Ç, aparecem com outros caracteres no lugar.
Tentei uma solução drástica, de determinar o ISO-8859-1 como padrão no /etc/environemnt e /etc/default/locale, mas isso prejudica o sistema como um todo, pois parte do conteúdo dos menus fica bagunçado.
Então, utilizei como solução desenvolver um script, para que o firefox rode com a codificação ISO:
#!/bin/bash
LANG=pt_BR.ISO-8859-1 firefox
Com isso, parte do problema está resolvido, pois o pdf construído pelo aplicativo aparece na tela com os caracteres corretos. Contudo, depois de uma atualização de dezembro, a página impressa fica com caracteres bagunçados, enquanto que a página na tela fica correta.
A impressora está conectada via rede, pelo samba e analisando o que entendi a respeito do problema, acredito que talvez exista algum ajuste a ser feito.