O arquivo é armazenado em /tmp e deletado quando o programa Xarchiver é fechado.
Evidentemente o que você relata é um bug e dos feios, aliás, muito difícil de descobrir e, por isso, altamente perigoso, pois uma quebra de segurança só é perigosa quando ninguém sabe dela, pois quando se fica sabendo acaba o risco.
De toda forma, analise detidamente o uso e comportamento também do Xarchiver, pois certa feita tive uma experiência similar no ambiente Windows com um programa de criptografia excelente, o Blowfish Advanced CS, o qual ao descriptografar um arquivo igualmente usava a pasta tmp, porém quando se invertia a ordem de fechamento do programa o arquivo permanecia descriptografado na pasta temporária, isto é, não era eliminado, também descobri isso por acaso.