Olá, sei que é um tópico antigo, mas qdo se pesquisa no google sobre o assunto de inicialização do Cairo Dock no ubuntu vc pode ser direcionado para este tópico.
Bom a dificuldade de inicialização do Cairo Dock no ubuntu, apesar de ele estar configurado para abrir na inicialização, isso acaba não ocorrendo. Verifiquei na internet alguns comentários. Eu também estava tendo este problema com o ubuntu 16.04, então encontrei uma solução simples, acredito eu.
Basta ir em " Menu Aplicativos no Cairo Dock>Ferramentas do sistema>Preferências>Aplicativos iniciais de sessão"
será aberta uma tela onde, deverás escolher a opção "Adicionar> no campo nome>Cairo Dock>no campo Comando, acionar o Navegar>será aberta outra tela, onde deverás escolher, outros locais e computador ir em: usr>bin>cairo-dock e salvar.
Feito o processo acima, basta reiniciar o computador para que a barra do Cairo Dock se apresente na sua tela.
Espero de alguma forma ter ajudado....