Interessante essa questão... o próprio Linus acha a questão das dependências, ou do desencontro delas, uma bagunça. A Canonical está para possivelmente adotar o Snappy mesmo, não só em portáteis, ou drones, mas até mesmo na versão desktop.
Ok, com o empacotamento Snappy, os aplicativos rodam em sandbox, pois eles já virão empacotados com todas as dependências (me corrijam se eu estiver errado), assim não haverão problemas e se ainda assim algum problema ocorrer é só remover o aplicativo inteiro, dependências junto e etc, cortando o mal pela raiz.
Só que isso não acabaria com as bibliotecas compartilhadas (não entendi isso muito bem) aumentando o espaço ocupado pelos aplicativos a exemplo do Windows?