Bem, quando configuro meus servidores pra autenticar via Novell LUM, eu também perco o acesso gráfico, a menos que altere o arquivo "/etc/pam.d/xdm". Só que além desse arquivo não servir pra vocês, também não adianta eu dizer quais são as alterações que eu faço, já que elas são pro Novell LUM, não pro AD.
O que eu posso dizer? O Kubuntu usa o Lightdm, em vez do XDM/KDM. É preciso ver qual é o "DM" que o Ubuntu usa, ou pelo menos qual o arquivo que vocês precisam mexer em /etc/pam.d. As alterações a serem feitas, vocês encontrariam comparando o conteúdo do arquivo /etc/pam.d/login antes e depois de inserir a máquina no domínio.
Pra terminar... façam isso em uma máquina de testes que possa ser formatada a qualquer hora (p.ex. uma máquina virtual). Mexer no diretório /etc/pam.d é MUITO delicado. Uma mexida errada no arquivo errado e você está isolado, fora do sistema.