Bem, eu gosto de separar o diretório /var em uma partição própria. Como também instalo algumas coisas que não fazem parte da distribuição, gosto de ter espaço livre numa partição /opt também. Dependendo do sistema, pode (ou não) valer a pena ter uma partição /boot separada.
A maioria das minhas máquinas acaba ficando parecida com isso:
/ (raiz) -> 40GB [L]
/boot -> 500MB [P]
Swap -> mesmo tamanho da memória [P]
/var -> 40GB [L]
/opt -> 40GB [L]
/home -> espaço que sobra no disco [L]
[P] e [L] indicam partições [P]rimárias e [L]ógicas.