De forma nativa, isto é, já vem embarcado no Ubuntu o pacote e2fsprogs que é um utilitário dos sistemas de arquivos.
Nele o específico programa e4defrag analisa e faz a defragmentação se necessário.
Não precisa fazer nada, já vem instalado, é so chamar no terminal e usar:
e4defrag [ -c ] [ -v ] target
Use apenas para ext4, não use para outros tipos, também não suporta swap.
Se for para a área de sistema evidentemente precisa do sudo, se for na home do próprio usuário não precisa.
target é um arquivo, um diretório ou um dispositivo (device)
exemplo:
e4defrag -c /home
sudo e4defrag -c /var
sudo e4defrag -c /bin
De fato na maior parte das vezes não haverá nada para desfragmentar em razão da forma eficiente de gravação em disco do sistema de journaling e a própria técnica de apropriação dos espaços, entretanto, de forma especialíssima e dependendo do caso concreto do uso (milhares e milhares de fotos colocadas num disco com pouco espaço apagando e colocando novas frequentemente, um grande número de torrents sempre pipocando no disco o tempo todo, etc), pode sim ser interessante de quando em quando uma varredura, enfim, existe no padrão da distribuição e vem embarcado é porque possa ser de alguma utilidade em algumas circunstâncias.
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