Talvez antes fosse melhor trazer aqui ao tópico alguma informação mais precisa sobre o dispositivo e seu particionamento, como ele se apresenta.
Com o pendrive 'espetado', faça o seguinte comando e poste o resultado de:
para uma visão mais geral dos discos:
sudo parted -l
para informações mais específicas sobre o pendrive:
sudo fdisk -l /dev/sdn
Sinal de hífen mais letra ele no comando acima.
Em sdn o 'n' substitui pela específica letra que identifica o respectivo pendrive (sdb, ou sdc, etc)
Não conheço diretamente o problema, mas há alguns relatos e várias abordagens na internet sobre o problema, porém a que me pareceu melhor fundamentada (de autoria do Rod Smith, um cara que é muito 'fera' nisso) é a que sugere que talvez o pendrive continha originalmente uma tabela de partição GUID (GPT), entretanto, sobre ela foi criada uma nova tabela de partição do tipo MBR (Master Boot Record), através de uma ferramenta que não "entende" GPT. Como o particionamento GPT ocupa mais espaço do que MBR, isso significa dados do originalmente particionamento GPT "sobrando", o que então torna a interpretação dos dados confusa.
Parece ser uma boa hipótese, nessa caso a solução passaria pelo uso do FixParts ou ainda do Gdisk
A base original dessa abordagem está aqui:
Can't format or delete partitions in pendirve cause of gpt table errorhttp://askubuntu.com/questions/388315/cant-format-or-delete-partitions-in-pendirve-cause-of-gpt-table-errorEstá linkada originalmente no link retro, porém apenas para tornar mais direto, a página do FixParts Tutorial, do Rod Smith é essa aqui:
http://www.rodsbooks.com/fixparts/