Olá
Vamos responder de trás para a frente :
É verdade que o HD só liga a partir do momento que eu clico nas repartições referentes a ele (caso eu entre no ubuntu faça uso normal sem clicar nas repartições do Windows 7, O hd referente a este sistema continua desligado ?? )
Quem "liga" ou "desliga" hd é a bios/efi da máquina, episódio anterior ao carregamento do sistema operacional.
O Linux apenas "monta" e "desmonta" o hd (diferente do Windows que só monta o hd em condições normais)
Assim, se não alterou sua bios/efi, eles estarão sempre "ligados" ou seja, energisados (12v e 5v) mesmo não sendo montados e ou utilizados.
Teria como desativar o HD do windows dentro do Ubuntu ?
O arquivo responsável por montar unidades lógicas fica no diretório /etc com o nome de fstab
Para evitar a montagem do HD com Windows (ou outro qualquer), basta editar o arquivo fstab.
1) crie uma cópia do fstab
Use em terminal =>
sudo cp /etc/fstab /etc/fstab.bak
Ou em modo grafico=>
gksudo nautilus
Navegue até a pasta /etc e copie e cole o arquivo fstab dentro de /etc, renomeando a cópia para fstab.bak
2) Localize o ID do HD com Windows com o comando em terminal => blkid
3) Edite o arquivo fstab
Use em terminal =>
sudo gedit /etc/fstab
Ou em modo grafico =>
gksudo gedit /etc/fstab
Localize a entrada do HD com Windows e comente com uma cerquilha (#) a entrada referente ao ID do HD.
Salve e Feche o arquivo fstab, e se modo grafico Feche o nautilus.
Seu HD com Windows não será mais montado na inicialização do sistema, e caso deseje acesso a ele, monte manualmente via terminal
Outra opção seria editar o fstab e remover a chave "auto" na entrada do HD windows, ou mesmo trocar a chave "auto" por "nomount" ou "noauto". Com isto você "enxerga" o hd, mas terá que montá-lo para utilização (no nautilus, com o botão esquerdo do mouse clicado sobre o hd)
A escolha é pessoal, e como vez uma cópia do fstab original, caso não fique satisfeito, basta remover o arquivo fstab e renomear o fstab.bak para fstab reiniciando o sistema em seguida.
Baixe o guia foca linux é dê uma estudada no fstab, veja o que e como ele funciona, pois existem outras opções do fstab, como deixar o hd ser montado apenas pelo root, ou algum usuário específico trocando a chave "user" por "root" ou "{nome-usuario}"
Aproveite e estude os comandos mount e umount.
Ou mesmo usar o cron/crontab para montar o hd em horários e dias específicos (para back up ou outro uso)
Bons estudos