De qualquer forma, contemplando aquela hipótese, também se pode pensar em fazer o inverso, isto é, configure pelo pulseaudio e vamos ver se, assim, as configurações permanecem.
Instale os pacotes:
sudo apt install paman paprefs pavucontrol
Uma vez instalado, chame individualmente, um a um, no terminal e fazendo a configuração através deles.
Por exemplo, use o paman, saia, faça o reboot e veja se deu certo.
Se não deu, então chame o paprefs, faça a mesma coisa e depois idem com o pavucontrol.