Para entender melhor esse processo de limpeza tenha em conta o seguinte:
autoclean
Limpa o repositório local removendo os arquivos de pacotes .deb que não podem mais ser baixados, isto é, versões antigas, e que são inúteis e obsoletos.
autoremove
Remove pacotes que não são mais requeridos dentro do sistema, ou seja, pacotes que foram instalados automaticamente para satisfazer dependências de outros pacotes e que já não são mais necessários.
Principalmente no caso de usuários que compilam programas muito frequentemente a compilação pede várias bibliotecas que só vai usar naquele momento, depois não serve para mais nada já que os binários estão criados.
clean
Faz mais que o autoclean, porque limpa e remove todos os arquivos .dev contidos nos diretórios, exceto o lock file:
var/cache/apt/archives/ e
/var/cache/apt/archives/partial/.
Se quiser ver qual espaço os pacotes .deb estão ocupando, pode fazer:
sudo du -sh /var/cache/apt/archives
Muito importante: jamais use quaisquer outros softwares de limpeza, as ferramentas nativas são suficientes e muito seguras.