Note que talvez eu apenas não esteja entendendo qual é realmente o problema, o que é bem provável, vez que não tenho o Cinnamon instalado e não tenho como reproduzir a questão para verificar.
Segundo sua narrativa parece que quer usar a interface Cinnamon, porém está ocorrendo um problema isso e aquilo que se resolve com o comando mencionado e você não quer precisar fazer tal comando toda hora que inicia o sistema.
Se o entendimento da questão for realmente esse (e posso estar enganado), então você pode colocar esse comando para ser executado no "Startup Applications", que na versão traduzida é o "Aplicativos iniciais de sessão".
Colocando lá ele irá executar toda vez que iniciar o sistema, tornando desnecessário que você faça isso manualmente, o que realmente é uma encheção, sobremais quando se trata de digitar um comando longo.
Como colocar lá e fazer de fato funcionar podemos tentar detalhar, talvez vá precisar produzir um atraso na execução do comando, porque como a carga pelo systemd não é linear, podem ocorrer alguns desencontros, isto é, a interface do desktop demorar para carregar de fato e os "Startup Applications" já terem iniciado, o que resultará numa falha, mas aí, se o caso, se introduz um parâmetro sleep para produzir o atraso.
Criar um script de uma ou duas linhas e até, se o caso, linkar para um ícone no desktop também pode ser uma solução.
Porém, por enquanto, de uma forma rápida, até vermos isso em detalhes, para não ter que ficar digitando essa enorme linha toda vez, o "jeitão" fácil e prático é criar um "alias" que permita executar o comando facilmente.
Entenda "alias" como sendo um "apelido"
Pode ser algo assim:
cp ~/.bashrc ~/.bashrc-bkp
(isso acima é só por segurança se o dedo escorregar digitando e destruir o arquivo
)
depois:
gedit ~/.bashrc
(note que há um . (ponto) antes do nome do arquivo, pois se trata de arquivo oculto; não precisa do sudo porque já é um arquivo do usuário.)
aí acrescenta no final do arquivo, após a última linha:
alias liga='gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons false'
alias desliga='gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons true'
(observe que o comando precisa estar entre aspas simples)
Aproveita e acrescenta alguns outros que é para "economizar dedo":
alias c='clear'
alias e='exit'
e quaisquer outros que lhe ocorrerem.
Salvar e sair
exit para fechar o terminal
abra novamente um terminal e teste.
Agora sempre que você digitar "liga" (sem as aspas) no terminal irá executar aquele comando antes mencionado e "desliga" (igualmente sem as aspas) a mesma coisa, ou vice-versa, como queira, ou qualquer outro mnemônico, igualmente como queira.