Eu desabilito o ipv6 no /etc/default/grub.
Mencionei antes (post #14) que ele verificasse se desabilitou mesmo exatamente porque há alguns relatos de que em determinadas máquinas não se consegue desabilitar pelo sysctl.conf, com a linha mencionada, nesse caso, dizem esses relatos, só mesmo desabilitando diretamente no kernel, pelo grub, da forma como você mencionou que faz.
Concretamente nunca vi um caso, todas as máquinas que tentei desabilitar pelo sysctl.conf sempre desabilitaram, sem problemas, nunca foi mesmo necessário usar o parâmetro de kernel para isso, mas enfim, como há o relato, daí que melhor conferir se desabilitou mesmo.