Tenho os 4 ambientes no me4smo sistema operacional (Ubuntu 14.04) .
No Unity, no Gnome e no KDE, está normal.
No Mate, eu fui trocar o icone do wireless e o programa sumiu tudo (não sei o nome desse programa) .
Agora não tem como editar ou mesmo criar conexões de wifi ou dsl pelo Mate
e é o que eu mais uso.
Esse programa parece ser independente dos ambientes.
Os programas que a gente instala como ex: Opera, Caja, SMPlayer, se a gente remove do Gnome, ou de outro ambiente,
ele é removido de todos os outros ambientes.
Esse configurador de conexões parece ser próprio do Mate.