É verdade que instalando o kubuntu-desktop vai ter o Gnome e KDE na mesma máquina, mas poderá ter problemas de estabilidade e desempenho, além de menus confusos.
Já fiz isso antes e me arrependi. Hoje tenho Ubuntu e Kubuntu na mesma máquina, mas em partições separadas, tudo bem organizado, limpo e funcionando direitinho.
Rapaz, tem a questão dos menus confusos mesmo. Nada muito grave. Quanto a instabilidade, se é que ela existe (comigo não aconteceu), basta procurar pelo synaptic por kde e marcar os pacotes. Um chama o outro (dependências), e a instalação transcorre sem problemas. Pode se deixar de fora o kubuntu-desktop, que é o pacote que faz a reconfiguração do sistema, como troca do splash de boot, gerenciador de login, dentre outras.
Quanto a deixar o kubuntu em uma partição e o ubuntu em outra, tem o problema do duplo boot. Se quiser trocar de desktop, tem que rebootar a máquina. E se quiser usar um programa que está em outra partição, então?