Então, @ismaelbonifacio,
Esse é o melhor dos mundos, ter dois discos para fazer um dual boot Windows Linux não tem coisa boa igual.
É bastante simples, para efeitos de ilustrar vamos dizer que os dois discos sejam sda e sdb.
No sda você instala o Windows que quiser, da forma habitual, sem nenhuma dificuldade.
No sdb você instala o Ubuntu, apenas que naquela tela onde se indica onde gravar
o grub você irá indicar para gravar na MBR do disco sdbFeitas as instalações, vai lá no setup da máquina, isto é, no BIOS, onde se coloca a ordem do boot e coloca o disco sdb (possivelmente identificado como hd1) para ser o primeiro do boot, isto é, para fazer o boot por ele.
Então em resumo, os pontos essenciais:
1. cada sistema operacional no seu disco próprio;
2. grub gravado na MBR do disco sdb (hd1);
3. sdb (hd1) colocado como primeiro na ordem do boot no BIOS.
Deverá ser o bastante.