GAIM - Bom pra quem usa MSN e outros protocolos também como ICQ, Jabber, Gtalk, AIM, YIM, etc. E ele também le bom pra quem usa Gnome porque ele fica no tema e com as mesmas bibliotecas gráficas. Fica rápido, estável e bonito.
aMSN - Bom pra quem quer frescuras como webcam, emotions personalizados, tremer janela e até o tema do Windows Live Messenger (que tem pra ele).
Mercury - Feito em java, meio pesadão mas o mais completo. Pra quem não quer só webcam, emoticons e janelas tremendo mas quer também winks, jogos, mensagens manuscritas, temas na janela de mensagens, jogos, e todo o tipo de frescura que você possa imaginar.
Esses 3 são os mais comuns. No entanto existem muitos outros ainda né? Você pode testar todos e decidir com qual fica. Eu uso GAIM porque não ligo pra essas frescuras todas de MSN. Só uso pra me comunicar e uso ICQ, Gtalk e Jabber junto.
[]s