É um problema conhecido e não tem nada que ver com atualizações do Ubuntu, apenas coincidência ou interpretação errónea.
O problema deriva do Windows, do seu estado de hibernação. Desde o Windows 8 que por defeito este SO nunca encerra realmente mas sim usa um estado similar ao da hibernação - Fast Satartup - para dar a ilusão, como o próprio nome indica, de que arranca mais rápido.
Sabendo que a partição partilhada é NTFS, essa é afetada pelo Fast Startup.
Por isso, nada mais desativar o Fast Startup em Windows resolve o problema. Note que habitualmente os "feature updates" do Windows reativam essa função por isso tem que estar atento.