Hmmm. Posso te dizer que, se alguém tem acesso aos arquivos de suas bases de dados que não tem consciência da importância delas, você tem um problema sério no projeto das permissões que está concedendo. Claro que você pode ter algum ganho de desempenho, principalmente em bases mais pesadas como Oracle, mas é preciso pesar com cuidado as vantagens e desvantagens dessa técnica.
Veja só, enquanto o CentOS é uma distribuição totalmente voltada para o ambiente de servidores, o Ubuntu (mesmo na versão server) não tem tanto essa visão. Então você vai mesmo ter alguma dificuldade na configuração inicial.
Uma curiosidade, qual o motivo da migração?