Não vou ser tão radical e dizer que não é possível... imagino que seja possível conseguir com algumas combinações obscuras de criptografia e atributos avançados. Mas não será nada simples.
O problema vem do fato de que o root não é um usuário comum: ele é o próprio sistema operacional. Tudo que é feito dentro do sistema, é feito por ele. Esconder alguma coisa dele implica em esconder do próprio SO. Mas a partir do momento em que você está interagindo com o SO em modo root, tem um programa no meio do caminho, e esse programa pode ser instruído a limitar algumas coisa que o root pode fazer (por exemplo, não deixando o root executar um programa que não tenha os bits de execução ligados).
Então pode ser que no shell, ou nos programas de listagem de arquivos, talvez seja possível definir a tal combinação cabalística de atributos estendidos que darão a você a impressão de que o root não tem acesso a um determinado arquivo ou pasta.
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