Uma coisa que está passando pela minha cabeça agora, pode ser que o phpMyAdmin dependa de uma versão específica do PHP (p.ex. 5.3), e a instalação padrão do Ubuntu ofereça outra (p.ex. 7.x). Nesse caso, é importante verificar as dependências de instalação --- coisa que a instalação do "apt" faz automaticamente, por isso a gente recomenda sempre que seja dada preferência por esse método.