dei uma pesquisada a respeito sobre o desfragmentador, e vi que quase não há função para ele,tanto é que não vem incluso no ubuntu e outras distribuições,mas tem.
esses links que o amigo acima deu são para ser uzados em sistema EXT2,e os que é usado hoje em dia como padrão é: EXT3,e outro bem popular é o ReiserFS (eu uso ele),mas não há necessidade de se fazer isso
explicação:
no caso do windows que usa 2 tipos de sistemas de arquivos que são: Fat32 e o Ntfs
ao gravar um arquivo nessas partições,é colocado em qualquer area,e dificultando tambem a velocidade de procura d arquivos. nesses sistemas do linux não é assim,ele grava em seguencia que não tem esse problema, em alguns casos especiais em ext2 se usa isso (não me pergunte como... mas é raro),intão não tem necessidade de se fazer isso.
e sobre limpeza de disco,não sei,pois não me recordo o que essa ferramenta fazia no windows.
T+