Um plugin muito interessante do Nautilus é o nautilus-open-terminal. Após instalado, quando você clica dentro de uma pasta do Nautilus aparece uma janela com uma opção Abrir num terminal. Infelizmente, a versão mais nova desde plugin funciona de maneira adequada apenas na primeira vez. Todas as outras vezes o terminal é aberto no HOME do usuário. Uma solução alternativa é como segue.
1) Entre no diretório ~/.gnome2/nautilus-scripts;
2) Dentro desde diretório, crie um arquivo texto com o nome Terminal;
3) O conteúdo deste arquivo deve ser o seguinte.
#!/bin/bash
gnome-terminal --disable-factory --default-working-directory=$1
4) Salve o arquivo e faça chmod a+x Terminal (isto torna o arquivo um executável);
5) killall nautilus (isso reinicia o nautilus).
Pronto! Agora, quando você clica dentro de uma pasta aparece uma janela com a opção scripts. Dentro desta opção deve haver outra com o nome de Terminal. Essa opção te permite você abrir quantas janelas do terminal você quiser. Todas abriram no diretório correto. :-)