Também tenho problemas com o nautilus usando muita cpu. No meu caso por volta de 50%. E mesmo sem ter nenhuma janela dele aberta.
Num sei o que ele tanto faz.
Quando ocorre isso eu dou o comando
pkill nautilus
para matar o nautilus (ele reabre em seguida). Isso resolve o problema até que ocorra novamente. Ou seja, só estou combatendo a consequência, mas a causa do problema ..., não sei qual é.