Ae! Eu sempre usei o 7zip, e tenho vários arquivos que são com password. O jeito que encontrei para poder gerenciar meus arquivos do 7zip direito no Linux foi emulando a versão do 7zip para Windows pelo Wine. Funciona perfeitamente...
Mesmo assim, sinceramente, acho esta uma situação ridícula, uma vez que o 7zip é opensource. É ridículo que não tenha um gerenciador gráfico decente e que suporte senhas para ele nativo do Linux.
O mesmo vale para diversos outros programas Sourceforge. Se é código aberto, deveria ser portado (integralmente) pro Linux. Afinal, programas como o GIMP, Inkscape, Blender, Firefox, Pidgin e Openoffice são portados para o Windows...