batboy,
Tive este problema com alguns temas, como o nuoveXT e o Snowish. Para resolvê-lo, tive que mudar o nome do ícone relativo à Lixeira na própria pasta do tema de ícones (que, uma vez instalado, você encontra ao ativar o o item Exibir arquivos ocultos no menu Ver do Nautilus; ele está dentro da pasta .icons). Os ícones da Lixeira estão nas pastas filesystems;ao invés de gnome-fs-trash-empty.png, é preciso usar o nome user-trash.png; ao invés de gnome-fs-trash-full.png, user-trash-full.png. É trabalhoso, mas resolve.
Se alguém conhecer fórmula mais simples, por favor, avise.