o gdesklets geralmente guarda as posições, para iniciá-lo junto com o gnome
você pode simplesmente após carregar seu desklets.
ALT+F2
gnome-session-save
ou ir em Sistema>Preferências->Sessões
e adicioná-lo em Programas Iniciais, na próxima sessão ele vai carregar junto com o gnome,porém se fizer da forma citada mais acima, não faça este passo, pois ele será carregado 2 vezes.