carlosfrancoba, tenho um iPod 5G e uso o "Amarok" como se fosse o iTunes, é show de bola, manipula as músicas do iPod, cria Playlist, sincroniza Podcasts, acha capas e letras da música e ainda te dá sugestão de outras do genêro da que vc está ouvindo.
Agora para manipulação direta o gtkpod é bom tbm, uso ele para manipular arquivos como vídeo.
Ambos vc encontra no "Adicionar/Remover" ou "Synaptic" do Ubuntu com repositórios padrões mesmo.