Outra coisa que acho que esse autopackage seria problema, mas isto é mais uma dúvida: Ele permite que eu possa desinstalar o programa depois? Com pacotes deb, usando o aptitude, isso não é problema.
Você está confundido as coisa nem tudo está nos repositórios do Debian, experimenta atualizar o Firefox por ele, ou Xara Xl, ou o Adobe Reader. Programas proprietários, ou livres derivados de um propietário ou projetos independentes e outra serie de programas livres não estão presentes nos repositórios do Debian "synaptic". E nem toda a distro é derivada dele, podendo usar esse recurso.
É melhor ter no site do desenvolvedor uma opção de instalação com o autopackage do que ter que em todo programa instalar tudo na unha, com ./configure, make e install. Quem quiser instala pelo synaptic, se o cara não tiver uma distro derivada do Debian pega o autopackage no site do desenvolvedor, e assim vamos vivendo.... Todos juntos, mais com esse facilitador do autopackage.
Se lembre que nem só de apt-get e synaptic vive o mundo Linux. Tem gente que tem distro que não é derivada do Debian. Nem todo mundo tem internet, no caso eu posso pegar um programa em autopackage, gravar no CD e instalar na casa do vizinho sem problemas de dependências ou necessidade de conexão.
Ok,
Um abraço.