Estou na mesma situação que você meu amigo!
Gutsy, com todos os pacotes javas atualizados e a versão 1.9 do Mercury
tenta instalá-lo novamente só que com este comando aqui:
sudo dpkg -i --force-all mercury-messenger-1.9.debpelo terminal.
Acabei de abrir o mercury aqui e está normal. Tanto pelo menu como pelo terminal.
No terminal da estas saídas:
11.11.2007 20:38:59 Mercury/1.9 [20071020]
11.11.2007 20:38:59 Resource Type > General
11.11.2007 20:38:59 Locations > Loading...
11.11.2007 20:38:59 Locations > Loaded OK.
11.11.2007 20:38:59 Main > Loading Global Settings...
11.11.2007 20:38:59 Main > Loading Splash Screen...
---Editado---
Você usa alguns daqueles efeitos compiz fusion ou outro do gênero?
É que acho que houvi falar de conflito destes efeitos com o java e o mercury como você sabe usa o java.