Estas coisas são dificeis de explicar. Quando vc istalou o novo kernel, foi só ele ou foi com outros programas tambem? No seu caso eu deixaria sem atualizar o kernel. Existe uma maneira de atualizar apenas pacotes escolhidos.
Este problema não é só do linux, eu já tive um caso semelhante com um winmodem nas atualizações do windows xp. Toda vez que aceitava a atualização o meu modem deixava de funcionar!
Veja também neste local
http://ubuntuforum-pt.org/index.php?topic=2172
Tópico: Novo kernel lançado nos repositórios! (Lida 11203 vezes)