Olha tem um tempo que não faço isso, mas se não me engano faça o seguinte.
1o.) Crie no linux usuário exatamente com o mesmo nome/senha dos usuários do windows (esta senha igual é a do samba. Para isso use o comando smbpasswd usuario);
2o.) Compartilhe uma pasta (com o samba) e dentro dela crie a pasta de cada um dos usuários;
3o.) Faça as permissões destas pastas serem totais apenas para dono, e para grupo e outros deixa sem direitos (chmod 700 Pasta)
4o.) Para cada pasta de usuário garanta que esteja com o dono certo
5o.) Mapeie no windows a pasta do tópico 2o.
6o.) Se não me engano os usuários não conseguiram acessar as pastas dos demais.