O sistema de arquivos EXT3 suporta atributos estendidos. Então você pode associar valores a atributos de um determinado arquivo usando o comando setfattr e depois recuperá-los usando o comando getfattr. Pelo que eu sei não existe ainda uma integração com o ambiente gráfico, contudo isso não quer dizer estritamente que não exista, afinal de contas sempre tem alguém desenvolvendo alguma coisa nova. O sistema de arquivos EXT3 também suporta ACLs que podem ser manipuladas pelos comandos getfacl e setfacl. Os pacotes que você precisa para ter estas ferramentas disponíveis no seu sistema são attr e acl respectivamente, que podem ser instalados via apt-get.