Sei exatamento do que você está falando, pois, já passei por isso várias vezes em distribuições do Ubuntu. É como se houvesse uma espécie de travamento após o pedido de reinicialização ao sistema. E um dos sinais que temos disso é a luz vermelha do gabinete do computador super acesa e estática. Não sei como te ajudar, mas acho que isto se deve a algum arquivo corrompido no sistema. O problema lhe persegue desde que você instalou o Ubuntu ou depois de usa-ló frequentemente?