gupen,
não se preocupe, "killall gnome-panel" apenas fecha o gnome panel, que logo em seguida é reaberto.
O caso dos atalhos que não conseguimos excluir normalmente se refere ao fato de eles estarem com permissão apenas para root, por isso é estranho que você não consiga excluí-lo usando um "sudo nautilos" .
Mas vamos lá, vou te dar mais 3 opções:
-Pode ser algum bug do ubuntu (sim o ubuntu também tem seus bugs estranhso a lá windows), tenta simplesmente reiniciar e excluir pelo terminal puro. Digita, ctrl+alt+f2, e manda um "sudo rm -f nome-do-arquivo.desktop".
-Tentar mudar as permissões do arquivo:
dentro do desktop pelo terminal, digite "sudo chmod 777 nome-do-arquivo.desktop"
-Dá boot pelo live CD, monta a partição e exclui o arquivo normalmente.