Eunir,
O Jabref é mais específico para referencias bibliográficas.
Tal como o EndNote para windows, voce acessa as bases de dados, por exemplo PubMed ( Medicina )
e faz um levantamento bibliográfico, por assunto, palavras chave, autor, etc.
Depois é só requisitar em sua bliblioteca as separatas dos artigos, ler e se interessar, escrever a sua tese.
A grande vantagem do EndNote é que ele indexa a bibliografia, tornando o trabalho mais fácil.