Eu nunca tentei instalar em HDs separados, mas estou respondendo porque já instalei em um PC com dois HDs, o primeiro master particionado em 4 (uma partição NTFS com o WinXP, uma FAT de dados -- prefiro assim --, uma EXT3 que estava "esperando" o Ubuntu e antes esteve com outra distro instalada e, finalmente, uma SWAP) e o segundo slave com partição única de dados NTFS. Nessa ocasião, o instalador do Ubuntu se ofereceu para instalar o sistema no segundo HD, criando nele duas partições (EXT3 e SWAP).
Assim, acho que não há problema em instalar em HDs separados, desde que o GRUB (o bootloader do LINUX) seja instalado na MBR do HD selecionado, via BIOS, para o boot. E se esse HD for o usado pelo XP, não há problema até porque, caso vc. queira, poderá remover o GRUB mediante boot pelo CD de instalação do WinXP e uso do comando "fixmbr". Trata-se de algo bem simples e sem nenhum risco.
Anoto aqui que tenho dois PCs com duplo boot há alguns anos (WinXP e Ubuntu) e uso o GRUB nos dois (no meu, bootando o Ubuntu por padrão; no outro, do "resto da família", bootando WinXP por padrão) e nunca tive nenhum problema, até porque o GRUB é bem simples e há inúmeras dicas de como configurá-lo aqui mesmo. Aliás, há até um configurador gráfico para ele (grubconf, se não me engano) que já usei com o Fedora 5.
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