O caso do Iceweasel é que a Fundação Mozilla não permite a distribuição de versões modificadas do Firefox. Na verdade até permite, já que o código é livre, mas nesse caso ela não permite que seja com o nome e o logo do Firefox, que são marcas registradas. Isso entrou em conflito com a política da Debian, já que eles optam por manter os softwares da distro estável sempre na mesma versão, apenas aplicando patches de correção, principalmente de segurança. Como essa aplicação de patches no Firefox não é permitida pela Mozilla, a saída foi fazer um fork, com outro nome e logo, o Iceweasel.
Não é propriamente uma briga, os dois lados tem suas razões, e um fork com outro nome e logo, mas mantendo a compatibilidade, foi a melhor saída.