Nota: Caso ele possa ser executado antes do ambiente gráfico, basta vc colocar a chamada ao programa no arquivo /etc/rc.local que o mesmo automaticamente é executado como root, junto ao demais processos de inicialização do sistema.
Siga o que o Arlei disse.
Só para melhor entendimento:
Durante o boot, após o Kernel ser carregado na memória e verificado todo om hardware, este chama o processo INIT.
O init troca o estado do kernel para multitarefa
lê o arquivo rc.sysinit
lê o arquivo inittab, que vai ler ( dentre outros ) o rc.local
quando estes sub processos terminam, o init executa os processos mingetty para criar os terminais e viabilizar o login que dependendo de inittab chama o X Window System e este depois carrega a Interface Gráfica ( Gnome, Kde, Fce, Window Maker, etc, etc.)
Tudo isto nos 10 a 30 segundos do boot de sua máquina.
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