Oi oraculum,
Por acaso voce já usou o pen no Linux, e apagou algo dele pelo Linux ?
Acontece que o Linux lida com arquivos de uma maneira diferente do Windows.
Como segurança é uma paranóia no Linux, este sistema lhe informa a capacidade efetiva do pen para receber novos arquivos, e o Windows a capacidade total.
Com o pen conectado,
Vá em Locais=>computador=>"seu pen "
Digite ctrl+h ( ou na aba=> ver => mostrar arquivos ocultos
Procure por uma pasta chamada .trash-"usuario" e veja se tem algo dentro dela.
Se tiver alguma coisa que não te interessa mais, apague o conteúdo.
Ou se voce estiver no Windows localize a tal pasta que no Windows é visivel normalmente.
Se não tiver nada de interesse dentro pode apagar a pasta inteira que o Linux a recia na proxima conexão.
A pasta .trash ( tem o ponto para ser invisivel ) é a sua lixeira.
Não esqueça que se voce fez isto também como root o Linux cria uma pasta .trash-root e aí voce terá que apagá-la como tal.
Eu te recomendaria nunca enviar arquivos para a lixeira quando usando pen drive. A invés disso, use ctrl+del e apague permanentemente. Como pen drives foram pensados para transporte de arquivos, carregar "lixo" é sempre um "peso" excessivo....
A propósito, pesquise sempre no Forum, voce vai encontrar as respostas pois quase sempre alguém já passou por isto.
http://ubuntuforum-br.org/index.php?topic=21325.msg115420#msg115420