O alacarte é o editor de menus do Gnome. Digite alacarte no terminal ou na caixa de execução (aquela que abre com Alt + F2) e vc. poderá criar uma entrada de menu para o apollon.
Note que clicar com o direito do mouse sobre o menu "aplicações" e escolher "editar" também vai abrir o alacarte.
Quanto às questões específicas do apollon (redes, conexão etc.) não posso ajudar pois só uso torrent e e-mule/a-mule para downloads.
Vou tentar a dica.
Mas sobre a conexão, não é um problema do apollon e sim de p2p ligado a alguns tipos de modem.
Pelo menos no windows até o emule trava a internet, no caso do modem estar em router.
Aquele comando que citei, apenas funciona em dlink e intelbras, ele aumenta o que fosse a porta em que o modem faz o trafego de informações, o default seria 192 e passamos a 512, aumentando a largura da porta.
Os p2p consomem muito espaço desta porta, e no linux não sei se ele interpreta o modem de outra forma, e se esse comando ficava valendo pra ele também mesmo feito no windows.
Mas isso acontece com alguns modens, pode não ser seu caso, já testei speed stream, e ele vai embora, baixa e navega.
Mas isso deixo pra depois caso fique mesmo com o giFT, que alias puxou uns arquivos pra teste bem rápido mesmo, somente com uma rede ativa.
Abraço.