Toda vez que for usar o comando apt use o sudo primeiro, e sempre deixe o synaptic fechado.
Para saber mais sobre o apt no terminal digite:
$ man apt
$ man apt-cache
$ man apt-get
Se quiser fazer uma limpeza mais bem feita execute:
$ sudo apt-get remove --purge pacote
E (mesmo eu não fazendo) tente instalar usando o aptitude no lugar do apt-get. O primeiro comando tem a mesma função do segundo, mas faz um gerenciamento de pacotes mais bem feito.