pode ser algum applet problemático, faz tempo que isto não ocorre comigo, talvez o problema persista sempre, pois como vc disse ter a /home separada os arquivos de configuração ficam nela ocultos ou seja o problema vai te perseguir até você descobrir a causa...
uma maneira de parcialmente resolver o problema, é se no caso você tiver como abrir um terminal
gnome-session-properties
vá na aba Sessão atual
localize o gnome-panel e caso o Estilo esteja Reiniciar mude para Descartar
derruba o painel.
killall gnome-panel
e roda
gnome-panel &
depois é necessário voltar a configuração para reiniciar.
Em último caso vc, creio eu que seja a única solução pois a outra é mais complicada
remova do seu /home os diretórios .gconf* e .gnome*
isto vai te deixar o gnome dafault sem nenhuma configração que você tenha alterado...
A solução mais complicada é descobrir o que está levando o painel a travar no relatório de erros deve ter o motivo, se vocÊ puder colocá-lo aqui seria bom pra dar uma verificada.
sabendo o que está travando o painel vc pode alterar pela gconf editor removendo a configuração referente ao que está travando ele no gconf-editor em apps>panel lá está tudo que está no painel que pode ser desconfigurado ou confgurado applets,objetos etc.