Se você está tentando instalar um programa do Ruindows (.exe), você tem que instalar o wine. Não é todo programa que vai funcionar redondo, portanto, o melhor é você procurar um equivalente feito nativo para Linux, e se não achar, aí a solução é rodar com o Wine.
De qualquer forma, diga aí quais vc está tentando para ver o que dá pra fazer ou alternativos....
Abraços...