O ideal seria instalar todos os programas como root, assim eles tem direito de leitura/escrita em qualquer pasta, ou seja, sim eles assumem os "grants", se você o instalou como usuario normal, provavelmente vai ter varios problemas pois o programa terá permissões limitadas...
mas você pode tentar fazer o seguinte: vai no terminal e digita, sudo nautilus
agora vai na pasta onde ta o programa que você quer rodar e clicando com o botão direito propriedades, depois altere o dono para root .. permissão de leitura escrita etc.. tbm pode ser feito via terminal, sudo -i, cd /usr/bin ...