Para o Metacity.
Estudando em fóruns ingleses, me disseram para instalar:
$ sudo apt-get install xcompmgr transset
$ xcompmgr -c &
$ transset 0.65
Aparecerá uma cruz no lugar do cursor, clique na borda de alguma janela.
Veja como a janela ficou mais transparente, se alterar o comando transset para outros valores 0.6, 0.7, ou 0.45
mudará a transparência.
Legal só não sei como deixar em mais de uma janela pois toda vez que fecho o terminal, a janela volta ao normal. Obrigado a cicampos pela dica abaixo.
http://wiki.ubuntubrasil.org/GuiaFeisty diz que "Tornar janela transparente/opaca = atualmente somente possível com a utilidade "transset".