Ao dar um duplo-clique num pacote deb baixado o Ubuntu abre o Gdebi, que é o instalador gráfico do Gnome. Já o dpkg é um instalador do Debian que funciona via linha de comando (terminal), ou seja, em texto puro. O dpkg trabalha por trás do Gdebi e do Apt, ou seja, é ele quem instala sempre.
Qualquer que seja a forma de instalar um pacote, será pedida a senha do usuário criado na instalação do Ubuntu, pois ele, via sudo, tem os poderes administrativos necessários.
Outros usuários administradores podem ser criados, mas isso não vem ao caso.
No mais, prefira instalar pacotes pelo "Adicionar/remover" e pelo "Synaptic", por razões de segurança.