Configurar o IPTables por script é coisa que só quem entende muito deve fazer.
Eu já fiz vários para mim, mas é coisa pessoal, a gente tem que saber exatamente o que quer e o que pode acontecer.
Também estou à procura de um programinha de firewall que eu possa simplesmente carregá-lo na inicialização que ele já aplica as regras que eu definir e que eu possa configurar facilmente.
Até hoje não encontrei (firestarter é muito resumido), e o FWBuilder é fantástico para criar as regras, mas temque configurar para iniciar manualmente, etc.... ele é apenas um configurador e instalador de regras, você não tem controle nem visão do estado, entende ?
Teste fazer as regras pelo FwBuilder para ver se não melhora para você visualizar tudo.... ele manda instalar e funciona.
Quando você deu o boot, zerou a tabela do IpTABLES.
Porta aberta significa que tem serviço rodando. Se não precisa dele, desabilite-o que vai te poupar memória e processamento...
Abraços...